Mootools es un framework de javascript para el usuario medio/avanzado. Entre otras ventajas es mas flexible, compatible con casi todos los navegadores incluyendo el fuck internet exlporer 6 y algunas webs que utilizan MooTools son ubuntu, W3 y Joomla (entre otras).

Aqui tienes una chuletilla cheat sheet para que no os perdais y bueno para ver algún ejemplo del poderio de este framework aqui podréis ver ejemplos y descargarlos, que yo creo que la mejor forma de aprender es ver el código averiguar como funciona, modificarlo etc.. hagamos caso a daniel mota que el entiende.
Espero que te sea util Jonblo